真空冷冻干燥机工作原理是在真空低温环境下把物体的含水分冻结成固体，而后使其中的水分从固态升华成气态，从而得到干燥、绿色环保的冻干物。真空冷冻干燥机的真空冷冻干燥就是把含有大量水分物质，预先进行降温冻结成固体，然后在一定真空条件下使水蒸汽直接从固体中升华出来。物质本身存留在冻结时的冰架中，干燥后体积不变，疏松多孔冰在升华时要吸收热量，引起产品本身温度下降而减慢升华速度，为了增加升华速度，缩短干燥时间，对产品进行适当加热。整个干燥过程是在较低温度下进行的。
　　真空冷冻干燥机开关机的操作：
　　真空冷冻干燥机开机操作：
　　1.接通电源线，此时察看总电源指示灯是否闪烁，闪烁说明电源已接通。
　　2.按下“总电源”开关键三秒，此时“冷阱温度”显示窗开始显示冷阱温度，放开此键。
　　3.按下“制冷机”开关键，制冷机开始运转，冷阱温度逐渐降低。为使冷阱具有充分吸附水份的能力，预冷时间应不少于30分钟。
　　4.按下“真空计”开关键，此时真空数码显示为“110”，“103”指示灯亮。
　　5.预冷结束后，将已准备好的待干燥物品置于干燥盘中，罩上有机玻璃筒，将充气阀和放水阀(位于右侧板上)顺时针方向拧紧。
　　6.按下“真空泵”开关键，真空泵开始工作，数码显示下降直至20Pa以下，冷冻干燥进程开始。注：在真空泵开始工作时，用力下压有机玻璃罩片刻，有利于密封。
　　7.多歧管型首先应将橡胶阀关闭(将阀芯长把向上)，待真空度达到20Pa以下时将预冻结束的冻干瓶插入橡胶阀下接口，将塑料阀芯向下旋转180度。注意：此时真空计示数会有回升，应在真空度达到20Pa以下时，再装下一瓶。
　　真空冷冻干燥机关机操作：
　　1.首先慢慢(一定要慢，否则真空泵里的油会倒吸)打开“充气阀”，同时按下“真空泵”电源开关键，使空气缓慢进入冷阱。如需充入惰性气体，则将惰性气体的减压导管连接“充气口”，然后慢慢打开“充气阀”，使惰性气体缓慢进入冷阱。
　　2.依次按下“真空表”，“制冷机”开关，关闭，此时指示灯灭，“总电源”开关键，同开机时按下三秒无显示后放开此键。
　　3.提起有机玻璃罩，将物品取出，保存，冷冻干燥过程结束。
　　4.冷阱中的冰化成水后，打开“放水阀”将水排出。
　　5.清理冷阱内的水份和杂质，妥善保养设备。
　　6.真空泵不用时，应盖上出水嘴，以防脏物进入
　　7.多歧管型，应逐个关闭橡胶阀并取下冻干瓶后再重复关机操作。
　　注意事项：操作过程中切勿频繁开关，如因操作失误造成制冷机停止运转，不能立即启动，至少等20分钟后方可再次启动，以免损坏制冷机。每次冷冻干燥后，冷阱盘管上的冰化成水后，用毛巾清除干净冻干结束旋开“充气阀”向冷阱充气时，一定要慢，以免冲坏真空计。
　　真空冷冻干燥机技术有成本高的缺点。由于它需要真空和低温条件，所以真空冷冻干燥机要配置一套真空系统和低温系统，因而投资费用和运转费用都比较高。这点在目前中药真空冻干主要应用于较名贵的药材上便可窥得。下游中小企业应用该设备时必然要受制于资本承受力。真空冷冻干燥机适用于医用药品、化工制药、美容化妆品、冻干粉针等西林瓶药物压塞冻干加工，该系列机型具备搁板加热和可编程功能，可查看冻干曲线，方便用户观察物料的冻干过程。